[2010/3/27, 4/2 追記] Eclipse 3.5 での解決方法
Eclipse 3.5 + Ant + Javadoc 文字化け、コンソール停止（最終章）
Pleiades Eclipse 3.5 + Ant + Javadoc コンソール停止問題の解決

昨日までの問題

Eclipse(3.4.2英語純正) + WinXP + ant + javadoc の環境

問題1. javadoc の途中でコンソールの表示が止まる
問題2. javadoc が生成されるときとされないときがある

(問題１の解決)
「[Eclipse][Pleiades] Ant のコンソール・エンコーディング」(cypher256さん、C/pHeR Memo – Java とか。Eclipse とか。）
ここをヒントに試した。で、発見した！
コンソールのエンコードは build.xml のエンコードに同期していました。コンソールの実装がどうかわかりませんが、私の環境ではそのように動作します。

<?xml version="1.0" encoding="Windows-31J"?>

これで、コンソールはちゃんと表示されるようになりました。
(問題２の解決)
もう、これは簡単、javadoc タスクの属性で doctitle があるのですが、いろいろ試しているときに doctitle=”" としたら、javadoc タスクがエラーになりました。
コンソールがちゃんと見えていればどうってことない問題でした。
ここで、終わると思ったのですが、つい先日 3.5 Galileo が出たので試してみた。
最悪！！
もう、いやになる。
build.xml に連動しているっぽいのは同じだが、Windows-31J では表示してくれなくなりました。もちろんコンソールのエンコーディングをいじってもダメ。
UTF-8にすると表示されるも、当然文字化け(そりゃ javadoc タスク、javadoc.exe は Windows-31J だもの)
試しに 3.5 Galileo ベースの Pleiades 1.3.1.I20090626 も試してみたが javadoc タスクのコンソールは文字化けしてだめだった。
javadoc タスク、javadoc.exe の表示が英語になってほしいっす。
Eclipse のソース見る！？ orz