自分のサイトを登録するには以下のサイトが一番。
各社ともサイト所有者向けのツールが提供されています。
サイトマップ(sitemap)も登録できるので効率よくクロールしてくれるのではないでしょうか。

Google

ウェブマスターツール
サイト登録とサイトマップが登録できます
google のアカウントが必要です
単にクロール依頼するだけなら「サイト登録」から

Yahoo

Y! サイトエクスプローラー
サイト登録とサイトマップが登録できます
Yahoo! のアカウントが必要です
サイト認証のファイルかmeta タグは残したままにしておくこと
単にクロール依頼するだけなら「巡回先への推薦」から

Bing (Live Search / MSN)

Webmaster Center
サイト登録とサイトマップが登録できます
Live ID が必要です。
サイト認証のファイルかmeta タグは残したままにしておくこと
単にクロール依頼するだけなら「Bing URL の登録」から
Sitemap ping service もあります
http://www.bing.com/webmaster/ping.aspx?siteMap=[your sitemap web address]